Der medizinische Dienst wird durch hier beschäftigte Krankenschwestern sowie durch externe Ärzte verschiedener Fachrichtungen, die dazu ins Förderungswerk kommen, wahrgenommen.

Wenn nötig kann auf die Möglichkeiten des Krankenhauses Josefinum zugegriffen werden.
Zu den Aufgaben des Medizinischen Fachdienstes gehört neben der Betreuung bei leichteren Erkrankungen und der Erstversorgung bei Arbeits- und Freizeitunfällen insbesondere:

• vor der Aufnahme des jungen Menschen die Beurteilung der medizinischen Unterlagen, wenn Zweifel an der medizinischen Eignung für den vorgesehenen Weg im Berufsbildungswerk bestehen
• nach der Aufnahme die arbeitsmedizinischen Untersuchungen insbesondere nach dem Jugendarbeitsschutzgesetz
• bei zusätzlicher Körperbehinderung in Zusammenarbeit mit dem arbeitsmedizinischen Dienst der Agentur für Arbeit Beratung des Behinderten wie der Mitarbeiter im Förderungswerk
• Diät- und Ernährungsberatung
• bei seelischen Problemen die Untersuchung und Therapie durch Kinder- und Jugendpsychiater